3 Az R Commander struktúrája

3.1: ábra. Az R Commander ablakai

A betöltés után megjelenik az R Commander GUI (3.1. ábra).
A felső sorban egy menüsor, alatta egy eszköztár sor különböző gombokkal, majd három ablak található.

3.1 Menüsor

• File Munkakönyvtár (Working directory) váltás, szkriptek betöltése, mentése, R Markdown fájlok megnyitása, mentése, output fájlok megnyitása, mentése, R munkaterület betöltése, mentése, kilépés az R Commander-ből, illetve az R-ből.
• Edit Szokásos szerkesztő funkciók (kivágás, másolás, beillesztés), kereső és kiválasztó funkciók. Visszavonás, ismétlés és ablak tartalmak törlése.
• Data Adattáblák létrehozására, beolvasására és módosítására szolgáló funkciók.
• Statistics Statisztikai elemzések.
• Graphs Ábrák készítése és mentése.
• Models Statisztikai modellekkel kapcsolatos összesítések, tesztek, konfidencia intervallumok, modellszelekciós eszközök, numerikus és grafikus diagnosztikák.
• Distributions Gyakran használt folytonos és diszkrét eloszlásokból valószínűségek és kvantilisek számolása, mintavételezése és ábrázolásuk.
• Tools R csomagok és R Commander kiegészítések (plug-in) betöltése. R Commander beállítási lehetőségek.
• Help R Commander-rel és R-rel kapcsolatos súgó.

3.2 Eszköztár

Az eszköztár gombjai:

• Data set: A mellette lévő gomb mutatja az aktív adattábla nevét. Kezdetben nincs ilyen (No active dataset), később, ha már több adattáblánk is van betöltve, akkor erre a gombra kattintva választhatunk belőlük.
  
• Edit data set Adatszerkesztő, melynek segítségével módosíthatjuk az aktív adattáblát.
• View data set A gomb megnyomásával megnézhetjük, de nem szerkeszthetjük az aktív adattáblát.
• Model A statisztikai modellezés során illesztett modellek közül választhatunk a gomb megnyomásával, illetve az utoljára illesztett modellt mutatja (aktív modell).

3.3 Ablakok

• R Script Az R Commander által generált kódok jelennek meg benne. Magunk is gépelhetünk be ide kódokat, illetve módosíthatjuk a már elkészült kódokat. Innen futtathatjuk is a kódokat ha kijelöljük és megnyomjuk a Submit gombot.
• Output A futtatások eredményeinek megjelenítése.
• Messages Hibaüzenetek (piros), figyelmeztetések (zöld), illetve egyéb információk (kék).

Az R Markdown fülre kattintva az R Markdown nyelvre fordítja a kódokat és az outputot, amiből egy kattintással létrehozható egy html dokumentum.